Phần lớn ai trong chúng ta cũng biết và hiểu tầm quan trọng của một hệ thống kiểm soát nội bộ đối với việc quản lý, điều hành doanh nghiệp, giúp cho doanh nghiệp hoạt động bài bản, khoa học, hợp lý, hiệu quả hơn. Vậy khi đã xây dựng được một hệ thống kiểm soát nội bộ bài bản, hiệu quả, liệu doanh nghiệp có yên tâm để đó và không cần quan tâm đến nữa hay không ?

Trong cuộc sống, không có gì là hoàn hảo, bên cạnh đó, môi trường xung quanh cũng thay đổi không ngừng. Do vậy, hệ thống kiểm soát nội bộ vẫn tồn tại một số điểm hạn chế như sau:

 1.      Yếu tố con người đóng vai trò then chốt;

 2.      Mâu thuẫn với nguyên tắc hiệu quả, linh hoạt;

 3.      Có thể sẽ vô hiệu đối với các sai phạm bất thường chưa được nhìn thất, chưa lường trước khi thiết kế;

 4.      Phát sinh thêm một số nhân sự có năng lực nhất định, không thể có tình trạng kiêm nhiệm nhiều vị trí cho một người;

 5.      Mất tác dụng khi có sự thông đồng;

 6.      Tính hữu hiệu sẽ bị đe dọa khi người quản lý lạm quyền, hoặc quá chú trọng vào hình thức;

 7.      Tính hữu hiệu cũng bị đe dọa khi có mâu thuẫn về lợi ích;

 8.      Thủ tục kiểm soát có thể bị bất cập, không khả thi khi thực tế thay đổi.

Với những điểm hạn chế trên, một hệ thống kiểm soát nội bộ hữu hiệu và hiệu quả cũng không phải là một chiếc đũa thần, có thể giúp ngăn ngừa và phát hiện mọi rủi ro, yếu kém của doanh nghiệp. Nhà quản lý, điều hành doanh nghiệp nên cân nhắc, phân tích rõ lợi ích cũng như hạn chế khi thiết kế hay xây dựng từng quy trình, chinh sách cho doanh nghiệp mình, đừng biến hệ thống kiểm soát nội bộ thành lực cản, trở ngại với các hoạt động khác hay thành một công cụ để vạch lá tìm sâu, gây nên tình trạng đối phó, giấu diếm sai sót trong từng thành viên của doanh nghiệp mình. Đồng thời, trong qua trình hoạt động, nhà quản lý, điều hành cũng phải luôn luôn chú trọng đến hoạt động của hệ thống, thường xuyên có cơ chế giám sát, kiểm tra để mọi hoạt động được vận hành trơn tru, khoa học.